En enero de 1601 nació su primera hija; pocos días antes  ‘por orden de las autoridades’ se casó con Anna Maria Petz, hija de un  ‘respetable’ y por lo tanto altamente considerada familia. Él y su esposa expiaron por este nacimiento antes de tiempo siendo arrestados y puestos a dieta de pan y agua, teniendo también Anna Maria que sufrir ‘banco y hierros’ y el mandato de que por cuatro años debería usar solamente ‘ropa de día de trabajo’. A fines de 1603 Haiden de Nuevo tuvo conflicto con el concejo de la ciudad cuando solicitó un alto honorario por tocar el órgano; cuando su petición fue rechazada, envió a un alumno a interceder por él, y por esto el concejo de  nuevo lo castigó con prisión. Sin embargo disfrutó de gran estimación como músico, y su juicio profesional fue solicitado en numerosas ocasiones. Alrededor de 1606 el Margrave de Ansbach también solicitó sus servicios. En 1608 consiguió dos perros ingleses para el Obispo de Eichstätt y Bamberg,  estableciendo con eso un contacto que le sería útil en las últimas semanas de su vida.

El mismo año visitó Kassel, donde hizo demostración del Geigenwerk (instrumento de teclado) de su padre ante Moritz, Landgrave de Hesse, y Frankfurt, donde entregó el instrumento, por el cual se había emitido una orden. En 1615 se vio envuelto en un juicio, que perdió, con el Pastor Erhard Pantzer de Eltersdorff. Además, emprendió una acción junto con sus hermanos contra el hijo de un Stadtpfeifer que después de la muerte de Hans Haiden había construido ilegalmente una copia de su patentado Geigenwerk.

Sus relaciones con otras mujeres tuvieron un resultado desastroso. En el otoño de 1616 fue imputado y condenado por adulterio, y el 11 de noviembre fue despedido sumariamente como organista de St Sebaldus. Fue sucedido por su cuñado Kaspar Hassler. En las últimas semanas de su vida trabajó como tesorero del Obispo de Eichstätt y Bamberg. Murió escasamente tres meses después de la desgracia de su expulsión de St Sebaldus, dejando a su viuda una carga de deudas que ella debió pagar con la venta de una casa y las obras impresas de su marido.

Este talentoso músico y compositor, que fue tan poco capaz de adaptarse a la estrictamente ordenada forma de vida de Nuremberg, hizo una importante contribución a la canción  alemana en el periodo de transición entre las eras del Renacimiento y el Barroco en dos publicaciones: “Gantz neue lustige Täntz und Liedlein, deren Text mehrer-theils auff Namen gerichtet mit vier Stimmen” (Nuremberg, 1601; 9 in Vetter, ii) y “Postiglion der Lieb’, darinnen gantz neue lustige Tantz, dern Text mehrtheils auff Namen gerichtet neben ettlichen Intraden und … schlaftruncksliedlein mit vier Stimmen” (Nuremberg, 1614). Estas canciones, cuyos textos él mismo ‘había escrito de acuerdo a su propia imaginación’, no pretenden ser gran arte pero son simples canciones para cantar y bailar. Son generalmente homofónicas, con énfasis sobre la melodía en la parte alta. Estaban destinadas al uso práctico y logran bien este propósito en virtud de su encanto, alegre frescura y su carácter de verdaderas canciones; fueron ampliamente influenciadas por el estilo italiano en voga en esa época. La colección de 1614 puede verse como un intento temprano, en texto y música, hacia un ciclo de canción unificada